Facturation électronique : les nouvelles sanctions applicables en cas de manquement

L'obligation de recourir à la facturation électronique dans les échanges B2B entre entreprises françaises assujetties à la TVA est maintenant en vigueur. Depuis le 1er septembre 2026, cette transformation numérique est devenue une réalité incontournable pour la plupart des acteurs économiques. Face à ce changement majeur, le législateur a renforcé l'arsenal répressif destiné à garantir l'application effective de cette réforme.

Une mise en œuvre progressive selon la taille des structures

Le déploiement de cette transformation s'organise en deux temps distincts. Depuis le 1er septembre 2026, l'ensemble des entreprises assujetties à la TVA, indépendamment de leur taille, ont l’obligation de disposer de la capacité technique pour réceptionner des factures sous format électronique.

Cette première échéance concerne également l'obligation d'émission de leurs factures, l’« e-invoicing », pour certaines catégories d'entreprises : les grandes entreprises (GE), les entités membres d'un groupe TVA ainsi que les entreprises de taille intermédiaire (ETI). L’« e-invoicing » ne concerne que les transactions réalisées entre entreprises établies en France.

Ces mêmes entreprises doivent également transmettre des données, sous forme d'« e-reporting », à l'administration fiscale. Ces données sont :

• Celles relatives à leurs transactions avec des non-assujettis (particuliers) ;
• Celles avec des opérateurs établis à l’étranger (exportations, acquisitions et livraisons intracommunautaires) ;
• Les données de paiement ou d’encaissement concernant les opérations dont la TVA est exigible à l’encaissement (prestations de services lorsque l’entreprise n’a pas opté pour le paiement de la TVA sur les débits).

La seconde vague interviendra un an plus tard, le 1er septembre 2027. À cette date, les TPE-PME ainsi que les micro-entreprises entreront à leur tour dans le dispositif complet, avec l'obligation d'envoyer leurs factures par voie électronique à leurs clients et de procéder à la transmission de leurs données à l’administration fiscale.

Pour réaliser ces échanges (réception des factures des fournisseurs, émission de factures aux clients et d’informations à l’administration fiscale), les entreprises assujetties doivent obligatoirement recourir aux services d’une plateforme agréée (PA). Il s’agit d’un prestataire de services que l’entreprise choisi librement. Depuis le 1er septembre 2026, chaque entreprise soumise à ces obligations doit avoir informé l’administration fiscale du choix de la plateforme qu’elle a désigné pour recevoir ses factures. Elle peut déléguer ce choix, et les démarches associées, à son expert-comptable par le biais d’un mandat de délégation.

Des amendes considérablement alourdies

L’article 123 de la loi de finances pour 2026 instaure un renforcement significatif des sanctions liées à la facturation électronique. Cette évolution témoigne de la volonté des pouvoirs publics d'assurer une application rigoureuse de la réforme.

Pénalités pour défaut d'émission

Le montant de l'amende applicable lorsqu'une entreprise manque à son obligation d'émettre une facture électronique connaît une augmentation substantielle. Initialement fixée à 15 €, cette sanction passe désormais à 50 € par facture non conforme. Le plafond annuel reste toutefois inchangé à 15 000 €.

Sanctions relatives à l'e-reporting

Les manquements concernant la transmission des données de transaction ou de paiement font également l'objet d'un durcissement. L'amende applicable pour chaque défaut de transmission double, passant de 250 € à 500 €. Là encore, le plafond annuel de 15 000 € par type d'obligation demeure applicable.

Introduction de sanctions pour l'absence de désignation d’une plateforme

Une innovation majeure réside dans la création d'une procédure de sanction progressive visant les entreprises qui n'auront pas sélectionné de plateforme agréée pour gérer la réception de leurs factures dématérialisées. Cette obligation constitue un prérequis fondamental puisque toute structure concernée devait avoir désigné une plateforme avant le 1er septembre 2026.

Le mécanisme de sanction s'applique selon un processus graduel :

• Après constatation de l'infraction, l'administration accorde un délai initial de 3 mois pour se mettre en conformité ;
• À l'expiration de ce premier délai, une amende de 500 € est appliquée si l'entreprise persiste dans son manquement ;
• Un second délai de 3 mois est accordé pour régulariser la situation ;
• En l'absence de régularisation, une pénalité de 1 000 € est infligée ;
• Par la suite, cette amende de 1 000 € sera reconduite tous les 3 mois tant que l'infraction perdure.

Ce dispositif progressif vise à encourager la mise en conformité tout en sanctionnant fermement les situations de résistance prolongée.

Les réponses apportées par Tyls Conseil

Les entreprises retardataires doivent régulariser très rapidement leur situation en identifiant les solutions techniques appropriées et en adaptant leurs processus internes. La sélection d'une plateforme agréée constitue notamment une étape prioritaire pour éviter de s'exposer au nouveau régime de sanctions.

Tyls Conseil préconise, en général, d’utiliser le logiciel Bleez et sa plateforme intégrée Serensia, c’est l’un des leaders du domaine.

Bleez permet la réception en temps réel des factures d’achat en provenance de la plateforme agréée. Il dispose d’un workflow de validation des factures d’achat en les rapprochant d’un contrat ou d’une commande. Bleez permet également l’émission des factures de vente conformes, au format Factur-x. Il assure aussi l’inscription de votre entreprise dans l’annuaire officiel, via le mandat que vous lui donnez. En résumé, c’est l’outil de collaboration efficace entre l’expert-comptable et son client.

Tyls Conseil propose un pack numérique tout intégré, il inclut :

• Un logiciel (Bleez ou E Facture pour le secteur agricole). Ce logiciel permet l’émission et la réception des factures au format Factur-x ;
• La collecte automatisée des données bancaires (relevés notamment) ;
• La collecte et la centralisation des factures ;
• La conformité Factur-x qui permet la transmission vers l’administration fiscale ;
• Une GED intégrée pour un archivage sécurisé.

Afin de cerner au plus près les besoins spécifiques liés aux particularités de votre propre entreprise, Tyls conseil propose aux entreprises clientes la réalisation d’un diagnostic gratuit. Chaque client a reçu un mail l’invitant à compléter un questionnaire sur sa situation précise actuelle. En retour, son responsable de dossier lui transmet le résultat du diagnostic de son entreprise qui contient des préconisations.

L’objectif de ce diagnostic est de cartographier les flux de facturation de l’entreprise. Pour cela, il convient :

• D’identifier l’ensemble des canaux de facturation (outils de facturation, outils de pré-comptabilité, logiciels de caisse, sites marchands, …) ;
• De contrôler que ces derniers soient règlementaires et compatibles avec la transition vers l’« e-invoicing » et l’« e-reporting » ;
• De définir les obligations qui vous concernent (« e-invoicing », « e-reporting », les deux), ainsi que la performance requise par le logiciel que vous utilisez.

Les cas simples peuvent être orientés vers le pack numérique proposé par Tyls Conseil. Pour les cas plus complexes, un second diagnostic plus poussé vous est proposé sur devis. Il est assuré par votre responsable de dossier et votre expert-comptable. Il doit vous apporter des réponses et un plan de mise en conformité personnalisé.

Enfin, pour ceux qui souhaitent se concentrer sur leur activité et franchir la réforme de façon sereine, Tyls Conseil propose un service clé en main d’externalisation de la gestion administrative qui comprend :

• L’émission et le suivi de vos factures ;
• La relance des impayés ;
• La gestion des factures fournisseurs et de leur règlement ;
• Un suivi clair de votre trésorerie.

Une approche bienveillante et tolérante de l’administration lors de la mise en place

Face à cette transformation de grande ampleur, l’administration fiscale a publié un guide pratique concernant le démarrage au 1er septembre 2026. Il repose sur 3 principes :

• Le maintien du calendrier légal rappelé ci-avant ;
• La continuité économique. La réforme ne modifie pas les règles de fond relatives à l’existence de l’opération, à la dette commerciale, au paiement, à la comptabilisation de la facture et au droit à déduction de la TVA. En conséquence, une facture émise par le canal habituel (papier ou PDF) ne doit donc pas être écartée pour cette seule raison ;
• Cette continuité ne doit pas être confondue avec une dispense d’application. L’utilisation d’un autre canal n’est pas conforme à l’obligation de transmission électronique. Aussi, lorsque le circuit électronique n’a pu être utilisé immédiatement, il est de bonne pratique de régulariser la même facture par ce canal, notamment afin de répondre à l’obligation de transmission des données attendues par l’administration. En tout état de cause, il est important de démontrer qu’une trajectoire active de mise en conformité est engagée et poursuivie.

L’administration fiscale indique qu’il n’y aura pas d’application des sanctions aux entreprises rencontrant des difficultés dans la mise en œuvre de la réforme mais qui sont engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité. Elle distinguera ces situations de celles relevant dune inertie, d’un évitement ou d’un refus durable d’entrer dans ce dispositif. Enfin, elle tiendra compte des difficultés réelles, documentées et suivies d’actions de correction.

Quel que soit votre mode de fonctionnement actuel et quels que soient les outils que vous utilisez, votre expert-comptable TYLS Conseil a une solution à vous proposer pour passer le cap de la réforme de la facture électronique.

La priorité du moment est toujours de vous inscrire auprès d’une plateforme agréée. Confiez cette mission à un expert-comptable TYLS Conseil en retournant le mandat de délégation signé.