Taxe sur les salaires : les subventions entrent dans le calcul du rapport d’assujettissement

Pour de nombreuses associations non soumises à la TVA, la taxe sur les salaires représente une charge incontournable. Mais lorsqu'il s'agit de déterminer son assiette, une question revient régulièrement : faut-il prendre en compte les subventions publiques dans le rapport d’assujettissement ? Une décision récente de la Cour administrative d'appel de Lyon vient de prendre position sur ce point.

Qui est concerné par la taxe sur les salaires ?

En tant qu'employeur domicilié ou établi en France, une structure peut être redevable de cette taxe si elle remplit l’une des conditions suivantes :

• Son chiffre d'affaires de l'année du versement des rémunérations (N) n'est pas soumis à la TVA ;
• Son chiffre d'affaires de l'année précédant celle du paiement des rémunérations (N-1) a été soumis à la TVA pour moins de 90 %.

Sont notamment concernés les associations, les syndicats professionnels et leurs unions.

Bon à savoir : les associations bénéficient d’un abattement annuel, il s’élève à 24 041 euros en 2025.

Le mécanisme de calcul de la taxe

Le montant de la taxe est obtenu en appliquant aux rémunérations versées un rapport d’assujettissement, puis un taux qui est fonction du montant du salaire versé à chaque salarié. Concrètement, l'assiette de la taxe se calcule en multipliant la masse salariale par un coefficient correspondant à la part d'activité non soumise à la TVA.

Ce rapport se compose ainsi :

• Au numérateur : les recettes issues d'opérations exonérées ou hors du champ d'application de la TVA ;
• Au dénominateur : l'ensemble des recettes, y compris celles qui ne relèvent pas du champ d'application de la TVA.

Reste alors une interrogation fréquente pour les associations bénéficiant d'aides publiques : comment doivent être traitées les subventions reçues dans ce calcul ?

Le sort des subventions publiques tranché par les juges

Une affaire récente vient apporter une réponse claire. À la suite d'une vérification de comptabilité, une association œuvrant pour le développement de la vie musicale et culturelle s'était vue notifier des rappels et des compléments de taxe sur les salaires par l'administration fiscale. Contestant cette position, elle avait porté le litige devant la justice administrative.

La Cour administrative d'appel de Lyon, dans sa décision du 5 février 2026, a relevé que la structure avait perçu, sur plusieurs exercices, des subventions versées par l'État et par des collectivités territoriales, lesquelles n'étaient pas imposables à la TVA. Selon les magistrats, qui se sont appuyés sur l’article 231 du Code général des impôts, ces aides devaient figurer à la fois au numérateur et au dénominateur du rapport d’assujettissement déterminant l'assiette de la taxe sur les salaires.

Quelles conséquences pratiques pour les associations ?

Intégrer les subventions au numérateur comme au dénominateur a un effet mécanique d'augmentation de l'assiette, et donc du montant de la taxe sur les salaires due par l'association.

Cette décision invite les organismes concernés à la plus grande vigilance lors de la liquidation et de la régularisation de leur taxe. Une mauvaise prise en compte des subventions perçues peut en effet exposer l’association à des redressements significatifs en cas de contrôle. Il est donc recommandé de tenir compte de ces financements publics dans le calcul de la taxe et de sécuriser les déclarations annuelles de régularisation.

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